SERVICIO DE IDENTIFICACIÓN DE ESPECIES Y SECUENCIACIÓN DEL IIM-CSIC (SIES)
El Servicio de Identificación de Especies del IIM lleva en funcionamiento desde 2001 y está especializado en la identificación de organismos marinos en alimentos. El Servicio forma parte del grupo de Bioquímica de Alimentos del Instituto de Investigaciones Marinas de Vigo (IIM-CSIC), que ha trabajado durante décadas en el desarrollo y aplicación de herramientas de análisis que permitan la identificación y cuantificación de organismos marinos, aunque también cuenta con capacidad para determinar otras especies presentes en una amplia variedad de matrices.
La identificación de especies se lleva a cabo fundamentalmente mediante la secuenciación Sanger de ADN, utilizando diversos marcadores genéticos tales como Citocromo B, Citocromo Oxidasa I, Región Control, 16S DNA, entre otros. Para la identificación de la especie a partir de la secuencia de ADN, el Servicio no sólo utiliza las bases de datos públicas, sino que además realiza análisis filogenéticos valiéndose de su amplio banco de tejidos y de más de 2000 secuencias de referencia propias del Servicio. Para ello cuenta con protocolos estandarizados para los que esperamos obtener próximamente la certificación de calidad. Además, el Servicio pertenece a una red de laboratorios especializados en la identificación de especies con los que ha participado en diversos ejercicios interlaboratorio que han demostrado la eficacia y la fiabilidad de los métodos utilizados.
El Servicio cuenta también con capacidad para llevar a cabo otros tipos de análisis para dependiendo del objetivo, como son PCR en tiempo real y secuenciación masiva (NGS) y dedica parte de sus esfuerzos al desarrollo de nuevas técnicas para incluirlas en su oferta de análisis.
El Servicio de Identificación de Especies está disponible para entidades, empresas, organismos públicos y usuarios particulares que quieran realizar diversos tipos de análisis de ADN, especialmente a aquellos relacionados con los sectores alimentario, pesquero, sanitario (determinación de especies con efectos sobre la salud), control de calidad y autenticidad (sustitución de especies), trazabilidad y conservación de los recursos marinos.
Equipos propios
Termocicladores
Equipos que permiten realizar los ciclos de temperaturas necesarios para la amplificación de determinados fragmentos de ADN en la técnica de la PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa) o para reacciones de secuenciación con el método de Sanger.
GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems)
2720 Thermal Cycler (Applied Biosystems)
Veriti Thermal Cycler (Applied Biosystems)
Termocicladores tiempo real
La PCR en tiempo real es una variante de la PCR utilizada para amplificar y simultáneamente cuantificar el ADN presente en una muestra.
ABI 7500 Fast Real-Time PCR (Applied Biosystems)
Secuenciación Masiva
Permite obtener millones de secuencias de ADN en poco tiempo.
Ion Chef (ThermoFisher Scientific)
Ion OT2 (ThermoFisher Scientific)
Ion PGM (ThermoFisher Scientific)
Espectrofotómetro
NanoDrop ND-2000. Espectrofotómetro de micromuestra para la cuantificación de ácidos nucleicos y proteínas.
Sistemas de visualización de geles
GelDoc Biorad sistema de visualización y análisis de geles de agarosa o acrilamida de alta resolución.
Sistemas de centrifugación
Avanti J-25 Beckman centrífuga de alto rendimiento refrigerada.
Microfuge 22R Beckman Coulter centrífuga de sobremesa refrigerada.
Cabinas de flujo laminar
Recinto que ofrece protección por flujo laminar para manipulaciones que implican un alto riesgo de contaminación de la muestra.
Biocap DNA (Erlab)
Euro Aire (TDI)
FAG 150 (TDI)
Peces con secuencias
de referencia propias
ANCHOAS, SARDINAS Y JURELES
Familia Engraulidae
Anchoa nasus
Engraulis anchoita
Engraulis encrasicolus
Engraulis eurystole
Engraulis japonicus
Engraulis ringens
Familia Clupeidae
Sardina pilchardus
Sardinella aurita
Sardinella maderensis
Sardinops sagax
Clupea harengus
Ethmidium maculatum
Familia Carangidae
Trachurus picturatus
Trachurus trachurus
PECES PLANOS
Familia Soleidae
Dicologlossa cuneata
Dicologoglossa hexophtalma
Pegusa lascaris
Pegusa triophtalma
Solea senegalensis
Solea solea
Familia Pleuronectidae
Glyptocephalus cynoglossus
Hippoglossoides elassodon
Hippoglossoides platessoides
Limanda limanda
Microstomus kitt
Platichthys flesus
Pleuronectes platessa
Reinhardtius hippoglosoides
Familia Scophthalmidae
Lepidorhombus boscii
Lepidorhombus whiffiagonis
Psetta maxima
Scophtalmus rhombus
Familia Cynoglossidae
Cynoglossus browni
MERLUZAS
Familia Merluciidae
Macruronus magellanicus
Macruronus novaezelandiae
Merluccius albidus
Merluccius australis
Merluccius bilinearis
Merluccius capensis
Merluccius capensis
Merluccius gayi
Merluccius hubssi
Merluccius merluccius
Merluccius paradoxus
Merluccius polli
Merluccius productus
Merluccius senegalensis
ATUNES Y SIMILARES
Familia Scombridae
Allothunnus fallai
Auxis rochei
Auxis thazard
Euthynnus alleteratus
Katsuwonus pelamis
Sarda chiliensis
Sarda sarda
Scomber australasicus
Scomber colias
Scomber japonicus
Scomber scombrus
Scomberomorus cavalla
Scomberomorus sierra
Thunnus alalunga
Thunnus albacares
Thunnus atlanticus
Thunnus macoyii
Thunnus obesus
Thunnus orientalis
Thunnus thynnus
Thunnus tonggol
BACALAOS Y SIMILARES
Famillia Gadidae
Boreogadus saida
Gadus macrocephalus
Gadus morhua
Gadus ogac
Melanogrammus aeglefinus
Merlangius merlangus
Microgadus proximus
Micromesistius poutassou
Pollachius pollachius
Pollachius virens
Theragra chalcogramma
Trisopterus esmarkii
Trisopterus luscus
Trisopterus minutus
Famillia Lotidae
Brosme brosme
Gaidropsarus ensis
Molva dypterygia
Molva molva
Famillia Moridae
Salilota australis
Familia Phycidae
Phycis blennoides
TIBURONES Y RAYAS
Familia Carcharhinidae
Cacharhinus limbatus
Cacharhinus obscurus
Prionace glauca
Familia Sphyrnidae
Sphyrna lewini
Sphyrna mokarran
Sphyrna tiburo
Familia Scyliorhinidae
Apristurus spp
Galeus melastomus
Scyliorhinus canicula
Scyliorhinus stellaris
Familia Triakidae
Mustelus mustelus
Familia Odontaspididae
Carcharias taurus
Familia Alopiidae
Alopias superciliosus
Alopias vulpinus
Familia Lamnidae
Isurus oxyrinchus
Lamna ditropis
Lamna nasus
Familia Centrophoridae
Centrophorus granulosus
Centrophorus squamosus
Deania calcea
Familia Etmopteridae
Centroscyllium fabricii
Etmopterus pusillus
Familia Somniosidae
Centroscymnus coelolepis
Familia Squalidae
Squalus acanthias
Familia Chimaeridae
Chimaera monstrosa
Familia Rajidae
Raja miraletus
Leucoraja erinacea
MEROS Y SIMILARES
Familia Serranidae
Cephalopholis taeniops
Epinephelus aeneus
Epinephelus areolatus
Epinephelus caninus
Epinephelus coiodes
Epinephelus corallicola
Epinephelus costae
Epinephelus cyanopodus
Epinephelus daemelii
Epinephelus ergastularius
Epinephelus fasciatus
Epinephelus fuscoguttatus
Epinephelus howlandi
Epinephelus lanceolatus
Epinephelus maculatus
Epinephelus malabaricus
Epinephelus marginatus
Epinephelus morrhua
Epinephelus polyphekadion
Epinephelus quoyanus
Epinephelus sexfasciatus
Epinephelus tauvina
Epinephelus tukula
Epinephelus undulatostriatus
Hyporthodus ergastularius
Mycteroperca fusca
Mycteroperca rubra
Plectropomus leopardus
Familia Centrolophidae
Seriolella brama
Seriolella punctata
Familia Lutjanidae
Lutjanus cyanopterus
Familia Pangasiidae
Pangasianodon gigas
Pangasianodon hypophthalmus
Pangasius laurnaudii
Pangasius sanitwongsei
Familia Triglidae
Aspitrigla cuculus
Familia Sebastidae
Helicolenus barathri
Helicolenus barathri
Sebastes oculatus
Familia Pimelodidae
Pseudoplatysoma reticulatum
Familia Polyprionidae
Polyprion americanus
Polyprion oxygeneios
Familia Zeidae
Zeus faber
OTRAS FAMILIAS
Familia Ophidiidae
Genypterus blacodes
Genypterus capensis
Genypterus tigerinus
Familia Coryphaenidae
Coryphaena hippurus
Familia Sciaenidae
Pseudotolithus senegalensis
Familia Xiphiidae
Xiphias gladius
Familia Gempylidae
Lepidocybium flavobrunneum
Familia Caproidae
Capros aper
Familia Cichlidae
Oreochromis mossambicus
Familia Anarhichadidae
Anarhichas denticulatus
Familia Belonidae
Belone belone
Familia Stromateidae
Stromateus brasiliensis
Familia Diretmidae
Diretmoides pauciradiatus
Familia Centriscidae
Macroramphosus scolopax
Familia Osmeridae
Osmerus mordax
Familia Sparidae
Diplodus vulgaris
Boops boops
Familia Argentinidae
Argentina silus
Familia Nototheniidae
Dissostichus eleginoides
Dissostichus mawsoni
Familia Lophiidae
Lophius budegassa
Lophius litulon
Lophius piscatorius
Moluscos con secuencias
de referencia propias
BIVALVOS
Familia Pectinidae
Aequipecten opercularis (Chlamys opercularis)
Pecten maximus
Zygochlamys patagonica
Familia Veneridae
Chamelea gallina
Clausinella fasciata
Dosinia exoleta
Ruditapes decussatus
Venus casina
Familia Limidae
Limaria hians
Famillia Cardiidae
Cerastoderma edule
Familia Mytilidae
Mytilus galloprovincialis
Familia Ostreidae
Crassostrea angulata
Crassostrea ariakensis
Crassostrea gasar
Crassostrea gigas
Crassostrea hongkongensis
Crassostrea sikamea
Crassostrea virginica
Ostrea chilensis
Ostrea edulis
Ostrea lurida
Familia Mactridae
Mactra glauca
Spisula solida
Familia Glycymerididae
Glycymeris pilosa
CEFALÓPODOS
Familia Loliginidae
Doryteuthis opalescens (Loligo opalescens)
Loligo gahi
Loligo vulgaris
Uroteuthis chinensis
Familia Ommastrephidae
Dosidicus gigas
Illex argentinus
Illex coindetii
Illex illecebrosus
Martialia hyadesii
Nototoradus sloanii
Ommastrephes bartramii
Todarodes sagittatus
Todaropsis eblanae
Famillia Sepiidae
Sepia bertheloti
Sepia officinalis
Familia Architeuthidae
Architeuthis spp
Familia Octopodidae
Bathypolypus arcticus
Eledone cirrhosa
Octopus cyanea
Octopus vulgaris
Tarifas
| Servicio | Tarifa para grupos del IIM | Tarifa para entidad pública | Tarifa para entidad privada |
|---|---|---|---|
| Identificación de la especie a partir de tejido, alimento u otras matrices mediante secuenciación Sanger y comparación con secuencias de referencia del IIM y/o bases de datos públicas | 50 | 100 | 120 |
| Secuenciación Sanger a partir de tejido, alimento u otras matrices | 20 | 50 | 60 |
| Extracción de ADN a partir de tejido, alimento u otras matrices | 5 | 6 | 8 |
| Análisis de la secuencia de ADN e identificación de la especie con muestras de referencia del IIM y/o con bases de datos públicas | 25 | 50 | 60 |
| Secuenciación NGS: Metagenómica 16S para la identificación de bacterias y microalgas | Según presupuesto | Según presupuesto | Según presupuesto |
| Identificación de especies mediante PCR en tiempo real | Según presupuesto | Según presupuesto | Según presupuesto |
| Cuantificación de ácidos nucleicos con NanoDrop 2000 | 0.20 | 0.60 | 0.80 |
| Otros servicios | Consultar | Consultar | Consultar |
Solicitud de análisis
INSTRUCCIONES PARA EL ENVÍO DE MUESTRAS POR CORREO
Todas las muestras deben estar bien rotuladas o etiquetadas. Se debe comprobar que los recipientes están bien cerrados y son herméticos. Manipular con cuidado de que la muestra no entre en contacto con otras muestras o con suciedad.
- Músculo de pescado o marisco fresco o congelado: al menos 1 gramo de tejido, en recipiente hermético o bolsa zip.
- En etanol: Sumergir en etanol al 96% durante toda la noche y cambiar el etanol por la mañana. Cuidado con que el etanol no borre los rótulos del recipiente. Envío no urgente. No necesita frío.
- En frío: con recipiente de frío, con acumuladores de frío. Envío urgente de lunes a miércoles.
- Pescado salado: 1 gramo de tejido, en recipiente hermético o bolsa zip. Envío no urgente. No necesita frío.
- Conservas: completa, envase sin abrir. Envío no urgente. No necesita frío.
- Extractos de ADN o productos de PCR: volumen mínimo de 15 µl y una concentración mínima de 50 ng/µl. Si es necesario adjuntar primers, estos deben estar en una concentración de 10 µM. Las muestras y los primers se deben enviar en tubos cerrados y debidamente rotulados, en gradilla o en bolsa zip, acompañados de acumuladores de frío. Envío urgente de lunes a miércoles.
- Otro tipo de muestras: consultar.
Tipos de muestras que analizamos:
Tejidos frescos, congelados o preservados en etanol.
Cualquier tipo de alimento, fresco o procesado.
Muestras ambientales (consultar)
Otras matrices (consultar)
Extractos de ADN
Productos de PCR
Algunos de nuestros usuarios
Puesto de Inspección Fronterizo (PIF) de Vigo
Gobierno de Cantabria
Agència Catalana del Consum
Junta de Andalucia
Xenotechs laboratorios
Instituto Español de Oceanografía
AZTI-Tecnalia
Agencia Española de Consumo, Seguridad Alimentaria y Nutrición (AECOSAN-CICC)
Grupo de Estudo do Medio Mariño (GEMM)
CSIC