SERVICIO

SERVICIO DE IDENTIFICACIÓN DE ESPECIES Y SECUENCIACIÓN DEL IIM-CSIC (SIES)

El Servicio de Identificación de Especies del IIM lleva en funcionamiento desde 2001 y está especializado en la identificación de organismos marinos en alimentos. El Servicio forma parte del grupo de Bioquímica de Alimentos del Instituto de Investigaciones Marinas de Vigo (IIM-CSIC), que ha trabajado durante décadas en el desarrollo y aplicación de herramientas de análisis que permitan la identificación y cuantificación de organismos marinos, aunque también cuenta con capacidad para determinar otras especies presentes en una amplia variedad de matrices.

La identificación de especies se lleva a cabo fundamentalmente mediante la secuenciación Sanger de ADN, utilizando diversos marcadores genéticos tales como Citocromo B, Citocromo Oxidasa I, Región Control, 16S DNA, entre otros. Para la identificación de la especie a partir de la secuencia de ADN, el Servicio no sólo utiliza las bases de datos públicas, sino que además realiza análisis filogenéticos valiéndose de su amplio banco de tejidos y de más de 2000 secuencias de referencia propias del Servicio. Para ello cuenta con protocolos estandarizados para los que esperamos obtener próximamente la certificación de calidad. Además, el Servicio pertenece a una red de laboratorios especializados en la identificación de especies con los que ha participado en diversos ejercicios interlaboratorio que han demostrado la eficacia y la fiabilidad de los métodos utilizados.

El Servicio cuenta también con capacidad para llevar a cabo otros tipos de análisis para dependiendo del objetivo, como son PCR en tiempo real y secuenciación masiva (NGS) y dedica parte de sus esfuerzos al desarrollo de nuevas técnicas para incluirlas en su oferta de análisis.

El Servicio de Identificación de Especies está disponible para entidades, empresas, organismos públicos y usuarios particulares que quieran realizar diversos tipos de análisis de ADN, especialmente a aquellos relacionados con los sectores alimentario, pesquero, sanitario (determinación de especies con efectos sobre la salud), control de calidad y autenticidad (sustitución de especies), trazabilidad y conservación de los recursos marinos.

Equipos propios

Termocicladores

Equipos que permiten realizar los ciclos de temperaturas necesarios para la amplificación de determinados fragmentos de ADN en la técnica de la PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa) o para reacciones de secuenciación con el método de Sanger.

GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems)
2720 Thermal Cycler (Applied Biosystems)
Veriti Thermal Cycler (Applied Biosystems)

Termocicladores tiempo real

La PCR en tiempo real es una variante de la PCR utilizada para amplificar y simultáneamente cuantificar el ADN presente en una muestra.

ABI 7500 Fast Real-Time PCR (Applied Biosystems)

Secuenciación Masiva

Permite obtener millones de secuencias de ADN en poco tiempo.

Ion Chef (ThermoFisher Scientific)
Ion OT2 (ThermoFisher Scientific)
Ion PGM (ThermoFisher Scientific)

Espectrofotómetro

NanoDrop ND-2000. Espectrofotómetro de micromuestra para la cuantificación de ácidos nucleicos y proteínas.

Sistemas de visualización de geles

GelDoc Biorad sistema de visualización y análisis de geles de agarosa o acrilamida de alta resolución.

Sistemas de centrifugación

Avanti J-25 Beckman centrífuga de alto rendimiento refrigerada.

Microfuge 22R Beckman Coulter centrífuga de sobremesa refrigerada.

Cabinas de flujo laminar

Recinto que ofrece protección por flujo laminar para manipulaciones que implican un alto riesgo de contaminación de la muestra.

Biocap DNA (Erlab)
Euro Aire (TDI)
FAG 150 (TDI)

Peces con secuencias
de referencia propias

ANCHOAS, SARDINAS Y JURELES

Familia Engraulidae

Anchoa nasus
Engraulis anchoita
Engraulis encrasicolus
Engraulis eurystole
Engraulis japonicus
Engraulis ringens

Familia Clupeidae

Sardina pilchardus
Sardinella aurita
Sardinella maderensis
Sardinops sagax
Clupea harengus
Ethmidium maculatum

Familia Carangidae

Trachurus picturatus
Trachurus trachurus

PECES PLANOS

Familia Soleidae

Dicologlossa cuneata
Dicologoglossa hexophtalma
Pegusa lascaris
Pegusa triophtalma
Solea senegalensis
Solea solea

Familia Pleuronectidae

Glyptocephalus cynoglossus
Hippoglossoides elassodon
Hippoglossoides platessoides
Limanda limanda
Microstomus kitt
Platichthys flesus
Pleuronectes platessa
Reinhardtius hippoglosoides

Familia Scophthalmidae

Lepidorhombus boscii
Lepidorhombus whiffiagonis
Psetta maxima
Scophtalmus rhombus

Familia Cynoglossidae

Cynoglossus browni

MERLUZAS

Familia Merluciidae

Macruronus magellanicus
Macruronus novaezelandiae
Merluccius albidus
Merluccius australis
Merluccius bilinearis
Merluccius capensis
Merluccius capensis
Merluccius gayi
Merluccius hubssi
Merluccius merluccius
Merluccius paradoxus
Merluccius polli
Merluccius productus
Merluccius senegalensis

ATUNES Y SIMILARES

Familia Scombridae

Allothunnus fallai
Auxis rochei
Auxis thazard
Euthynnus alleteratus
Katsuwonus pelamis
Sarda chiliensis
Sarda sarda
Scomber australasicus
Scomber colias
Scomber japonicus
Scomber scombrus
Scomberomorus cavalla
Scomberomorus sierra
Thunnus alalunga
Thunnus albacares
Thunnus atlanticus
Thunnus macoyii
Thunnus obesus
Thunnus orientalis
Thunnus thynnus
Thunnus tonggol

BACALAOS Y SIMILARES

Famillia Gadidae

Boreogadus saida
Gadus macrocephalus
Gadus morhua
Gadus ogac
Melanogrammus aeglefinus
Merlangius merlangus
Microgadus proximus
Micromesistius poutassou
Pollachius pollachius
Pollachius virens
Theragra chalcogramma
Trisopterus esmarkii
Trisopterus luscus
Trisopterus minutus

Famillia Lotidae

Brosme brosme
Gaidropsarus ensis
Molva dypterygia
Molva molva

Famillia Moridae

Salilota australis

Familia Phycidae

Phycis blennoides

TIBURONES Y RAYAS

Familia Carcharhinidae

Cacharhinus limbatus
Cacharhinus obscurus
Prionace glauca

Familia Sphyrnidae

Sphyrna lewini
Sphyrna mokarran
Sphyrna tiburo

Familia Scyliorhinidae

Apristurus spp
Galeus melastomus
Scyliorhinus canicula
Scyliorhinus stellaris

Familia Triakidae

Mustelus mustelus

Familia Odontaspididae

Carcharias taurus

Familia Alopiidae

Alopias superciliosus
Alopias vulpinus

Familia Lamnidae

Isurus oxyrinchus
Lamna ditropis
Lamna nasus

Familia Centrophoridae

Centrophorus granulosus
Centrophorus squamosus
Deania calcea

Familia Etmopteridae

Centroscyllium fabricii
Etmopterus pusillus

Familia Somniosidae

Centroscymnus coelolepis

Familia Squalidae

Squalus acanthias

Familia Chimaeridae

Chimaera monstrosa

Familia Rajidae

Raja miraletus
Leucoraja erinacea

MEROS Y SIMILARES

Familia Serranidae

Cephalopholis taeniops
Epinephelus aeneus
Epinephelus areolatus
Epinephelus caninus
Epinephelus coiodes
Epinephelus corallicola
Epinephelus costae
Epinephelus cyanopodus
Epinephelus daemelii
Epinephelus ergastularius
Epinephelus fasciatus
Epinephelus fuscoguttatus
Epinephelus howlandi
Epinephelus lanceolatus
Epinephelus maculatus
Epinephelus malabaricus
Epinephelus marginatus
Epinephelus morrhua
Epinephelus polyphekadion
Epinephelus quoyanus
Epinephelus sexfasciatus
Epinephelus tauvina
Epinephelus tukula
Epinephelus undulatostriatus
Hyporthodus ergastularius
Mycteroperca fusca
Mycteroperca rubra
Plectropomus leopardus

Familia Centrolophidae

Seriolella brama
Seriolella punctata

Familia Lutjanidae

Lutjanus cyanopterus

Familia Pangasiidae

Pangasianodon gigas
Pangasianodon hypophthalmus
Pangasius laurnaudii
Pangasius sanitwongsei

Familia Triglidae

Aspitrigla cuculus

Familia Sebastidae

Helicolenus barathri
Helicolenus barathri
Sebastes oculatus

Familia Pimelodidae

Pseudoplatysoma reticulatum

Familia Polyprionidae

Polyprion americanus
Polyprion oxygeneios

Familia Zeidae

Zeus faber

OTRAS FAMILIAS

Familia Ophidiidae

Genypterus blacodes
Genypterus capensis
Genypterus tigerinus

Familia Coryphaenidae

Coryphaena hippurus

Familia Sciaenidae

Pseudotolithus senegalensis

Familia Xiphiidae

Xiphias gladius

Familia Gempylidae

Lepidocybium flavobrunneum

Familia Caproidae

Capros aper

Familia Cichlidae

Oreochromis mossambicus

Familia Anarhichadidae

Anarhichas denticulatus

Familia Belonidae

Belone belone

Familia Stromateidae

Stromateus brasiliensis

Familia Diretmidae

Diretmoides pauciradiatus

Familia Centriscidae

Macroramphosus scolopax

Familia Osmeridae

Osmerus mordax

Familia Sparidae

Diplodus vulgaris
Boops boops

Familia Argentinidae

Argentina silus

Familia Nototheniidae

Dissostichus eleginoides
Dissostichus mawsoni

Familia Lophiidae

Lophius budegassa
Lophius litulon
Lophius piscatorius

Moluscos con secuencias
de referencia propias

BIVALVOS

Familia Pectinidae

Aequipecten opercularis (Chlamys opercularis)
Pecten maximus
Zygochlamys patagonica

Familia Veneridae

Chamelea gallina
Clausinella fasciata
Dosinia exoleta
Ruditapes decussatus
Venus casina

Familia Limidae

Limaria hians

Famillia Cardiidae

Cerastoderma edule

Familia Mytilidae

Mytilus galloprovincialis

Familia Ostreidae

Crassostrea angulata
Crassostrea ariakensis
Crassostrea gasar
Crassostrea gigas
Crassostrea hongkongensis
Crassostrea sikamea
Crassostrea virginica
Ostrea chilensis
Ostrea edulis
Ostrea lurida

Familia Mactridae

Mactra glauca
Spisula solida

Familia Glycymerididae

Glycymeris pilosa

CEFALÓPODOS

Familia Loliginidae

Doryteuthis opalescens (Loligo opalescens)
Loligo gahi
Loligo vulgaris
Uroteuthis chinensis

Familia Ommastrephidae

Dosidicus gigas
Illex argentinus
Illex coindetii
Illex illecebrosus
Martialia hyadesii
Nototoradus sloanii
Ommastrephes bartramii
Todarodes sagittatus
Todaropsis eblanae

Famillia Sepiidae

Sepia bertheloti
Sepia officinalis

Familia Architeuthidae

Architeuthis spp

Familia Octopodidae

Bathypolypus arcticus
Eledone cirrhosa
Octopus cyanea
Octopus vulgaris

Tarifas

ServicioTarifa para grupos del IIMTarifa para entidad públicaTarifa para entidad privada
Identificación de la especie a partir de tejido, alimento u otras matrices mediante secuenciación Sanger y comparación con secuencias de referencia del IIM y/o bases de datos públicas50100120
Secuenciación Sanger a partir de tejido, alimento u otras matrices205060
Extracción de ADN a partir de tejido, alimento u otras matrices568
Análisis de la secuencia de ADN e identificación de la especie con muestras de referencia del IIM y/o con bases de datos públicas255060
Secuenciación NGS: Metagenómica 16S para la identificación de bacterias y microalgasSegún presupuestoSegún presupuestoSegún presupuesto
Identificación de especies mediante PCR en tiempo realSegún presupuestoSegún presupuestoSegún presupuesto
Cuantificación de ácidos nucleicos con NanoDrop 20000.200.600.80
Otros serviciosConsultarConsultarConsultar

Solicitud de análisis

Datos del Solicitante


IIMEntidad públicaEntidad privada o particular



Información de las muestras

Indique toda la información posible de las muestras


No

Tipo de análisis

Servicio solicitado

Número de muestras

Identificación de la especie a partir de tejido, alimento u otras matrices mediante secuenciación Sanger y comparación con secuencias de referencia del IIM y/o bases de datos públicas.

Secuenciación Sanger a partir de tejido, alimento u otras matrices.

Extracción de ADN a partir de tejido, alimento u otras matrices.

Análisis de la secuencia de ADN e identificación de la especie con muestras de referencia del IIM y/o con bases de datos públicas.

Secuenciación NGS: Metagenómica 16S para la identificación de bacterias y microalgas.

Identificación de especies de merlúcidos mediante PCR en tiempo real.

Cuantificación de ácidos nucleicos con NanoDrop 2000.

Otros servicios

Observaciones

INSTRUCCIONES PARA EL ENVÍO DE MUESTRAS POR CORREO

Todas las muestras deben estar bien rotuladas o etiquetadas. Se debe comprobar que los recipientes están bien cerrados y son herméticos. Manipular con cuidado de que la muestra no entre en contacto con otras muestras o con suciedad.

  • Músculo de pescado o marisco fresco o congelado: al menos 1 gramo de tejido, en recipiente hermético o bolsa zip.
    • En etanol: Sumergir en etanol al 96% durante toda la noche y cambiar el etanol por la mañana. Cuidado con que el etanol no borre los rótulos del recipiente. Envío no urgente. No necesita frío.
    • En frío: con recipiente de frío, con acumuladores de frío. Envío urgente de lunes a miércoles.
  • Pescado salado: 1 gramo de tejido, en recipiente hermético o bolsa zip. Envío no urgente. No necesita frío.
  • Conservas: completa, envase sin abrir. Envío no urgente. No necesita frío.
  • Extractos de ADN o productos de PCR: volumen mínimo de 15 µl y una concentración mínima de 50 ng/µl. Si es necesario adjuntar primers, estos deben estar en una concentración de 10 µM. Las muestras y los primers se deben enviar en tubos cerrados y debidamente rotulados, en gradilla o en bolsa zip, acompañados de acumuladores de frío. Envío urgente de lunes a miércoles.
  • Otro tipo de muestras: consultar.

Tipos de muestras que analizamos:
Tejidos frescos, congelados o preservados en etanol.
Cualquier tipo de alimento, fresco o procesado.
Muestras ambientales (consultar)
Otras matrices (consultar)
Extractos de ADN
Productos de PCR

Algunos de nuestros usuarios

Puesto de Inspección Fronterizo (PIF) de Vigo
Gobierno de Cantabria
Agència Catalana del Consum
Junta de Andalucia
Xenotechs laboratorios
Instituto Español de Oceanografía
AZTI-Tecnalia
Agencia Española de Consumo, Seguridad Alimentaria y Nutrición (AECOSAN-CICC)
Grupo de Estudo do Medio Mariño (GEMM)
CSIC